手書き認識に水性ボールペンが向いていると思います。

手書きの文字の認識の場合「とぎれ、かすれ文字」、「つぶれ文字」がもっとも
認識がむずかしくなります。ペンの種類によってそれを避けることが
できます。

水性ボールペンがゲルインクでなめらかに細く（0,5から0.7ぐらいが最適）書けますのでむいています。

フェルトペン（先が束）やサインペンは太くなり文字がつぶれて認識が難しくなります。

メーカーに聞いてみましたが今は水生ボールペンが多く使われているようです。